16岁签订合作协议一般有效，但需满足特定条件。依据《民法典》，16周岁以上未成年人若以自己劳动收入为主要生活来源，视为完全民事行为能力人，其签订合同有效。否则，可能因缺乏法定代理人同意而无效，导致合同无法履行及法律责任。
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处理16岁签订合作协议问题，需判断其是否具备完全民事行为能力。若其以劳动收入为主要生活来源，则合同有效；否则，需法定代理人追认。选择处理方式时，应核实其经济来源情况，并据此决定合同效力及后续步骤。
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16岁签协议，效力视情况定。具体操作：1. 核实其是否以劳动收入为主要生活来源，若是，则合同有效；2. 若非，需联系法定代理人进行追认，以确保合同合法性；3. 在未明确前，建议暂停合同履行，避免潜在法律纠纷。